В начале тридцатых годов XX века Знаменская и Воскресенская церкви были закрыты. Воскресенскую церковь в 1946 году возвратили верующим, а Знаменская подверглась существенному разрушению: ее многоярусную колокольню уничтожили до основания, в самом церковном здании разместилась котельная. В 1964–1991 годах Воскресенская церковь являлась кафедральным собором Костромской епархии, здесь пребывала чудотворная Феодоровская икона Божией Матери; в 1991 году церковь вновь стала приходской, но сохранила соборный статус.

В число насельниц Знаменской обители первоначально вошли монахини и послушницы, трудившиеся при Воскресенском соборе и в резиденции управляющего Костромской епархией. Для размещения сестер администрация города Костромы передала здание бывшего детского сада на Осыпной улице. В 1997 году при монастыре начал действовать медицинский центр «Милосердие».

В 2001 году начались работы по восстановлению Знаменской церкви; ее колокольня, полностью воссозданная на средства благотворителей, была освящена 26 сентября 2001 года. Освящение самой Знаменской церкви состоялось 8 августа 2009 года.

Святыни обители:
– чтимый список чудотворной Феодоровской иконы Божией Матери;
– чтимый список чудотворной иконы святителя Николая из Николо-Бабаевского монастыря;
– ковчег с частицами мощей Киево-Печерских святых.

Престольные и монастырские праздники (старый стиль / новый стиль):
– 30 января / 12 февраля – Собор вселенских учителей и святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого;
– 13/26 сентября – память обновления (освящения) храма Воскресения Христова в Иерусалиме (Воскресение словущее);
– 24 ноября / 7 декабря – великомученицы Екатерины;
– 27 ноября / 10 декабря – иконы Божией Матери «Знамение».